Computer/京大スパコン使用方法（抜粋）のバックアップ(No.4) - 二宮研究室 | 沿岸災害・大気海洋相互作用・気候変動

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京大スパコン使用方法（抜粋） †

マニュアルスペックなど詳細は本家マニュアル等を参照してください．

環境設定 †

module list：ロード済みmoduleの表示
module avail：全moduleの表示
module show [module_name]：module内容の表示
module load [module_name]：moduleのロード
module unload [module_name]：moduleのアンロード
module switch [module_name1] [module_name2]：moduleの切り替え

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状況確認&変更 †

quota：ディスク使用状況の確認
id：現在のグループの確認
newgrp - grhogehoge：グループをgrhogehogeに変更（ハイフンがないと環境変数をクリアされる）
chdefgrp grhogehoge：ログイン時のグループをgrhogehogeに変更

qstat -q：利用可能なキューの確認
qstat：投入したジョブの確認
qgroup：グループのジョブを確認
qs：ジョブの詳細を確認
qcat -o xxxx：job id xxxxの標準出力を表示
qcat -e xxxx：job id xxxxのエラー出力を表示

qdel xxxx：job id xxxxのキャンセル

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計算の実行 †

会話型実行

tssrun -A p=1:t=2:c=3:m=4G -W 5:00 -ug grhogehoge ./a.out
：a.outの実行（1プロセス，2スレッド/プロセス，3コア/プロセス，メモリ4G/プロセス，実行時間5:00，grhogehogeで実行）
　CPUコアの上限（A:68, B:36, C:72）
　メモリ上限（A:96G, B:128G, C:3072G）
　時間上限（24:00）

バッチ処理

qsub hogehoge.sh：hogehoge.shを投入．（hogehoge.shのサンプルは下記）

バッチ処理（スレッド並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=1:t=2:c=3:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
./a.out

バッチ処理（プロセス並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=8:t=1:c=1:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
mpiexec.hydra ./a.out

バッチ処理（ハイブリッド並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=8:t=4:c=4:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
mpiexec.hydra ./a.out

計算ジョブレポート

B(dateinfo).oXXXXXX：標準出力
B(dateinfo).eXXXXXX：エラー出力

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計算資源の上限 †

並列数：qgroupでALLOCを確認
　１つのジョブで１ノードを使用してしまうので注意．
　例えば，システムAは68core/ノードなので9core並列などはもったいない．
計算時間の上限：グループコース336h，パーソナルコース168h，エントリコース1h

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京大スパコン使用方法（抜粋） †

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状況確認&変更 †

計算の実行 †

計算資源の上限 †