Computer/京大スパコン使用方法（抜粋）のバックアップ(No.2) - 二宮研究室 | 沿岸災害・大気海洋相互作用・気候変動

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京大スパコン使用方法（抜粋） †

マニュアル

システムB対象 †

環境設定 †

module list：ロード済みmoduleの表示
module avail：全moduleの表示
module show [module_name]：module内容の表示
module load [module_name]：moduleのロード
module unload [module_name]：moduleのアンロード
module switch [module_name1] [module_name2]：moduleの切り替え

↑

状況確認&変更 †

quota：ディスク使用状況の確認
id：現在のグループの確認
newgrp - grhogehoge：グループをgrhogehogeに変更（ハイフンがないと環境変数をクリアされる）
chdefgrp grhogehoge：ログイン時のグループをgrhogehogeに変更

qstat -q：利用可能なキューの確認
qstat：投入したジョブの確認

↑

計算の実行 †

会話型実行

tssrun -A p=1:t=2:c=3:m=4G -W 5:00 -ug grhogehoge ./a.out
：a.outの実行（1プロセス，2スレッド/プロセス，3コア/プロセス，メモリ4G/プロセス，実行時間5:00，grhogehogeで実行）
　CPUコアの上限（A:68, B:36, C:72, E:10）
　メモリ上限（A:90G, B:120G, C:3000G, E:30G）
　時間上限（24:00）
　基本的にはスレッド数＝コア数？

バッチ処理

qsub hogehoge.sh：hogehoge.shを投入．（hogehoge.shのサンプルは下記）

バッチ処理（スレッド並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=1:t=2:c=3:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
./a.out

バッチ処理（プロセス並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=8:t=1:c=1:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
mpiexec.hydra ./a.out

バッチ処理（ハイブリッド並列サンプル）

#!/bin/bash
#QSUB -q grhogehoge
#QSUB -ug grhogehoge
#QSUB -W 5:00
#QSUB -A p=8:t=4:c=4:m=4G

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
mpiexec.hydra ./a.out

計算ジョブレポート

B(dateinfo).oXXXXXX：標準出力
B(dateinfo).eXXXXXX：エラー出力

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