Computer/京大スパコン使用方法（抜粋）のバックアップ(No.11) - 二宮研究室 | 沿岸災害・大気海洋相互作用・気候変動

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京大スパコン使用方法（抜粋とtips） †

更新：2024/2/26

マニュアルスペックなど詳細は本家マニュアル等を参照してください．

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Puttyの設定 †

HostName? system A: camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
HostName? system B: laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
Connection>Data>username: 自分のid
Connection>SSH>Auth>Private key file: 秘密鍵ファイルを指定

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環境設定 †

module list：ロード済みmoduleの表示
module avail：全moduleの表示
module show [module_name]：module内容の表示
module load [module_name]：moduleのロード
module unload [module_name]：moduleのアンロード
module switch [module_name1] [module_name2]：moduleの切り替え

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状況確認&変更 †

quota：ディスク使用状況の確認
id：現在のグループの確認
newgrp - grhogehoge：グループをgrhogehogeに変更（ハイフンがないと環境変数をクリアされる）
chdefgrp grhogehoge：ログイン時のグループをgrhogehogeに変更

spartition：利用可能なキューの確認
squeue：投入したジョブの確認
qgroup：グループのジョブを確認
qs：ジョブの詳細を確認
scancel xxxx：job id xxxxのキャンセル
scancel -u xxxx: ユーザー名がxxxxのjobをキャンセル

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計算の実行 †

会話型実行

tssrun -p grhogehoge --rsc p=1:t=2:c=3:m=4G -t 5:0:0 ./a.out
：a.outの実行（1プロセス，2スレッド/プロセス，3コア/プロセス，メモリ4G/プロセス，実行時間5:0:0，grhogehogeで実行）

バッチ処理

sbatch hogehoge.sh：hogehoge.shを投入．（hogehoge.shのサンプルは下記）~

-- バッチ処理（スレッド並列サンプル）
#!/bin/bash
#SBATCH -p grhogehoge
#SBATCH -t 5:00
#SBATCH --rsc p=1:t=2:c=3:m=4G
#SBATCH -o %x.%j.out

#============ Shell Script ============
set -x
cd WORKDIR
srun ./a.out

バッチ処理（プロセス並列サンプル）

#!/bin/bash
#SBATCH -p grhogehoge
#SBATCH -t 5:00
#SBATCH --rsc p=8:t=1:c=1:m=4G
#SBATCH -o %x.%j.out

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
srun ./a.out

バッチ処理（ハイブリッド並列サンプル）

#!/bin/bash
#SBATCH -p grhogehoge
#SBATCH -t 5:00
#SBATCH --rsc p=8:t=4:c=4:m=4G
#SBATCH -o %x.%j.out

#============ Shell Script ============
cd WORKDIR
srun ./a.out

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計算資源の上限 †

spartitionを確認
システムAのノード当たり
　CPU：112cores，メモリ：128GB
システムBのノード当たり
　CPU：112cores，メモリ：512GB
p=4:m=45Gだと4x45GB=180GBなのでシステムAだと2ノード，システムBだと1ノード使用される．
計算時間の上限：グループコース336h，エントリコース1h

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ジョブidの入力をtab補完できるようにする（公式ではないので書いてあることがわかる人用） †

※旧システム用．現在のシステム向けに改変すればscancelでも動作可
参考：http://space.rish.kyoto-u.ac.jp/akdk/usage.html

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bash-completionをソースから入れる． †

ソースをダウンロードして展開（https://github.com/scop/bash-completion）

wget https://github.com/scop/bash-completion/archive/master.zip ←urlは実際にアクセスして要確認
unzip master.zip

設定ファイルの作成

autoreconf -i →configureが作成される
./configure --prefix=[自分に権限のある適当なpath]

makeしてインストール
```
make
make install
```

実行するための設定（.bashrcの編集）

bash_completion.shの内容を.bashrcにコピペ
ついでにジョブidの入力が必要なコマンド（qcat, qdel）に関する下記の設定も追記

# qcat
_qcat() {
local cur=`_get_cword`
COMPREPLY=( $(compgen -W "$(qstat | tail -n +3 | cut -d. -f1)" -- $cur) )
return 0
}
complete -F _qcat qcat
# qdel
_qdel() {
local cur=`_get_cword`
COMPREPLY=( $(compgen -W "$(qstat | tail -n +3 | cut -d. -f1)" -- $cur) )
return 0
}
complete -F _qdel qdel

完了．.bashrcを読み込みなおしてチェック

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NCLを使う（システムB, Cのみ．システムAでは使用不可） †

Exceed onDemand Clientを入れる．手順は上記．
Exceed onDemand Clientでログイン．
```
module load ncl
```

# pathの設定
export NCARG=/opt/app/ncl/6.4.0/ #バージョンの変更に注意．
export NCARG_ROOT=${NCARG}
export NCARG_BIN=${NCARG}/bin
export NCARG_LIB=${NCARG}/lib
export NCARG_INCLUDE=${NCARG}/include
export PATH=${NCARG}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${NCARG}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

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