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京大スパコン使用方法(抜粋)

システムB対象

環境設定

module list:ロード済みmoduleの表示
module avail:全moduleの表示
module show [module_name]:module内容の表示
module load [module_name]:moduleのロード
module unload [module_name]:moduleのアンロード
module switch [module_name1] [module_name2]:moduleの切り替え

状況確認&変更

quota:ディスク使用状況の確認
id:現在のグループの確認
newgrp - grhogehoge:グループをgrhogehogeに変更(ハイフンがないと環境変数をクリアされる)
chdefgrp grhogehoge:ログイン時のグループをgrhogehogeに変更
qstat -q:利用可能なキューの確認
qstat:投入したジョブの確認
qgroup:グループのジョブを確認
qs:ジョブの詳細を確認
qcat -o xxxx:job id xxxxの標準出力を表示
qcat -e xxxx:job id xxxxのエラー出力を表示
qdel xxxx:job id xxxxのキャンセル

計算の実行

  • 会話型実行
    tssrun -A p=1:t=2:c=3:m=4G -W 5:00 -ug grhogehoge ./a.out
    :a.outの実行(1プロセス,2スレッド/プロセス,3コア/プロセス,メモリ4G/プロセス,実行時間5:00,grhogehogeで実行)
     CPUコアの上限(A:68, B:36, C:72, E:10)
     メモリ上限(A:90G, B:120G, C:3000G, E:30G)
     時間上限(24:00)
     基本的にはスレッド数=コア数?
  • バッチ処理
    qsub hogehoge.sh:hogehoge.shを投入.(hogehoge.shのサンプルは下記)
  • バッチ処理(スレッド並列サンプル)
    #!/bin/bash
    #QSUB -q grhogehoge
    #QSUB -ug grhogehoge
    #QSUB -W 5:00
    #QSUB -A p=1:t=2:c=3:m=4G
    
    #============ Shell Script ============
    cd WORKDIR
    ./a.out
  • バッチ処理(プロセス並列サンプル)
    #!/bin/bash
    #QSUB -q grhogehoge
    #QSUB -ug grhogehoge
    #QSUB -W 5:00
    #QSUB -A p=8:t=1:c=1:m=4G
    
    #============ Shell Script ============
    cd WORKDIR
    mpiexec.hydra ./a.out
  • バッチ処理(ハイブリッド並列サンプル)
    #!/bin/bash
    #QSUB -q grhogehoge
    #QSUB -ug grhogehoge
    #QSUB -W 5:00
    #QSUB -A p=8:t=4:c=4:m=4G
    
    #============ Shell Script ============
    cd WORKDIR
    mpiexec.hydra ./a.out
  • 計算ジョブレポート
    B(dateinfo).oXXXXXX:標準出力
    B(dateinfo).eXXXXXX:エラー出力

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Last-modified: 2017-10-03 (火) 17:44:29 (15d)